ത്തറ പാകുന്നതിന് വിവിധ മേഖലകളിൽനിന്ന് ഒട്ടേറെ തെളിവുകൾ അദ്ദേഹം സമാഹരിക്കുകയുണ്ടായി. ഇവയെല്ലാം കൂടി ചേർത്ത് ഒരു ബൃഹത്ഗ്രന്ഥം തയ്യാറാക്കാനുള്ള ശ്രമത്തിലേർപ്പെട്ടിരിക്കുമ്പോൾ തികച്ചും അപ്രതീക്ഷിതമായ ഒരു സംഭവമുണ്ടായി. തെക്കുകിഴക്കേഷ്യയിൽ ജീവശാസ്ത്രപരമായ ഗവേഷണങ്ങൾ നടത്തിക്കൊണ്ടിരുന്ന ആൽഫ്രഡ് വാലസ് എന്ന ശാസ്ത്രജ്ഞൻ, ഡാർവിൻ ആവിഷ്കരിച്ചിരുന്നതും പ്രസിദ്ധീകരിച്ചിട്ടില്ലാത്തതുമായ ആശയത്തോട് സമാനമായ ഒരു നിഗമനത്തിൽ സ്വതന്ത്രമായി എത്തിച്ചേരുകയും, അത് ഒരു പ്രബന്ധരൂപത്തിലാക്കി ഡാർവിനയച്ചുകൊടുക്കുകയും ചെയ്തു. ഡാർവിനെ സംബന്ധിച്ചിടത്തോളം ഒരിക്കലും പ്രതീക്ഷിക്കാത്ത ഒരാഘാതമായിരുന്നു ഇത്. കാരണം, വർഷങ്ങൾക്കുമുമ്പ് ഡാർവിൻ ഈ ആശയത്തിലെത്തിച്ചേർന്നതാണെങ്കിലും, ഇനി അത് പ്രസിദ്ധീകരിച്ചാൽ വാലസിൽ നിന്ന് അത് മോഷ്ടിച്ചതാണെന്ന ആക്ഷേപമുണ്ടാകും. അങ്ങനെ ഡാർവിൻ ഒരു ധർമ്മസങ്കടത്തിലാവുകയുണ്ടായി.
പക്ഷേ, വളരെ മുമ്പുതന്നെ, 1844-ൽ, ഡാർവിൻ തന്റെ ആശയങ്ങളുടെ ഒരു രത്നച്ചുരുക്കം ഒരു കരടു പ്രബന്ധത്തിന്റെ രൂപത്തിൽ, തന്റെ സുഹൃത്തക്കളായ ചില പ്രഗത്ഭശാസ്ത്രജ്ഞന്മാരെ അറിയിച്ചിരുന്നു. ഈ സന്നിഗ്ദ്ധഘട്ടത്തിൽ അവർ സഹായത്തിനെത്തി. അവരുടെയെല്ലാം നിർദ്ദേശപ്രകാരം, ഡാർവിന്റെയും വാലസിന്റെയും പ്രബന്ധങ്ങൾ ഒരുമിച്ച്, 1858-ൽ ലിന്നേയൻ സൊസൈറ്റിയിൽ അവതരിപ്പിച്ചു. അതേതുടർന്ന്, ഡാർവിൻ താൻ ശേഖരിച്ചുവെച്ചിരുന്ന വസ്തുതകളിൽ നിന്ന് പ്രധാനപ്പെട്ടതെല്ലാം തിരഞ്ഞെടുത്ത് ഒരു സംഗ്രഹമാക്കി 1859 നവംബറിൽ പ്രസിദ്ധീകരിച്ചു. അതാണ് ശാസ്ത്രമണ്ഡലത്തിൽ മാത്രമല്ല, സാധാരണക്കാരുടെ ഇടയിൽപോലും ചിന്താവിപ്ളവം ഇളക്കിവിട്ട 'ജീവജാതികളുടെ (സ്പീഷീസുകളുടെ) ഉത്ഭവം' എന്ന് ഇന്നു പരക്കെ അറിയപ്പെടുന്ന ആ മഹത്ഗ്രന്ഥം. അതിന് അന്ന് അദ്ദേഹം നൽകിയ പേരു തികച്ചും വിക്ടോറിയൻ രീതിയിലുള്ളതായിരുന്നു - 'പ്രകൃതിനിർദ്ധാരണം അഥവാ ജീവിത മത്സരത്തിൽ അർഹമായ വംശങ്ങളുടെ സംരക്ഷണം വഴിയുള്ള ജീവജാതികളുടെ ഉത്ഭവത്തെക്കുറിച്ച്'.
ഒന്നാം പതിപ്പ് അച്ചടിച്ച ദിവസംതന്നെ വിറ്റഴിഞ്ഞു. ആ വർഷം തന്നെ പരിഷ്കരിച്ച രണ്ടാം പതിപ്പ് പ്രസിദ്ധീകരിക്കപ്പെട്ടു. പിന്നീട് 1861, 1866, 1869, 1872 എന്നീ വർഷങ്ങളിൽ ശ്രദ്ധേയമായ വിമർശനങ്ങൾക്ക് മറുപടികൂടി ഉൾക്കൊള്ളിച്ചുകൊണ്ടുള്ള പരിഷ്കരിച്ച പതിപ്പുകളിറങ്ങി. 1872-ലെ അവസാന പതിപ്പാണ് ഡാർവിന്റെ ആശയങ്ങളെ പൂർണ്ണമായും പ്രതിഫലിപ്പിക്കുന്നത്. തന്റെ സിദ്ധാന്തത്തിന് ഉപോൽബലകമായി അദ്ദേഹം ശേഖരിച്ചിരുന്ന മറ്റു സഹായവസ്തുതകൾ മറ്റു പുസ്തകങ്ങളുടെ രൂപത്തിൽ പ്രസിദ്ധീകരിക്കുകയുണ്ടായി. അവയിൽ ഏറ്റവും പ്രധാനം 1871-ൽ പ്രസിദ്ധീകരിച്ച 'മനുഷ്യന്റെ പരിണാമം' ആണ്.
ഡാർവിന്റെ ഗ്രന്ഥം, അതുവരെ നിലനിന്നിരുന്ന ചിന്താഗതികളെയെല്ലാം പാടെ തകിടംമറിച്ചു. ജീവിതത്തിന്റെ എല്ലാ തുറയിലുമുള്ളവരെ